ولم يكن أبو عبيد الثقفي على المستوى اللازم لقيادة الجيوش في هذه الفترة العصيبة إلا أنه كان من أشجع خلق الله تعالى، فلما دخل أبو عبيد العراق نظم الجيوش واستطاع بفضل الله ثم شجاعته المهولة وإقدامه أن يستعيد كل ما تخلى عنه المسلمون من أراضي العراق في تسعة أيام فقط لا غير، وانتصر بجيشه الصغير الذي لا يبلغ العشرة آلاف في ثلاث معارك كبيرة هي (النمارق، السقاطية، باقسياثا) على قرابة الربع مليون فارسي، فاستطاع أبو عبيد بذلك أن يفعل ما لم يفعله أحد.

مؤتمر المدائن
وكان رَسْتُم داهية فبدأ الإعداد للجيش باختيار قائده، فسأل عن أمهر القادة الفرس وأدهمهم؟ فقالوا له "ذو الحاجب بهمن جاذويه"، وكان من أشدِّ قادة الفرس كِبْرًا وحقدًا على المسلمين والعرب، وإنَّما تسمَّى بذي الحاجب لأنَّه كان يعصب حاجبيه الكثيفين ليرفعهما عن عينيه تكبُّرًا، فأسند له رستم قيادة الجيش، واختار رستم بنفسه أمراء الجند وأبطال الفرسان وزوَّدوه ولأوَّل مرَّةٍ بسلاح المدرَّعات الفارسي وهم الفيلة، وليُضفي رستم أهميَّةً خاصَّةً على هذا اللقاء أعطى لهذا الجيش راية الفرس العظمى واسمها "دارفن كابيان"، وكانت مصنوعةً من جلد النمور، طولها اثنتا عشرة ذراعًا وعرضها ثمانية أذرع، وكانت هذه الراية لا تخرج إلَّا مع ملوكهم في معاركهم الحاسمة.

تحركات المسلمين
نقلت استخبارات أبي عبيد تفاصيل ما دار في المدائن وأخبار الجيش الفارسي الجرار الخارج لقتالهم، فسارع أبو عبيد وعبر بجيشه الفرات نحو الغرب حتى وصل بابل شمال الحيرة وجنوب المدائن، وكانت تلك المنطقة صالحة للقتال، ولكن أبا عبيد رأى أن يعبر الفرات مرة أخرى ناحية الحيرة، وعسكر على مقربة من نهر الفرات على أطراف الصحراء، وهذا المكان أفضل مكان للقتال لخبرة المسلمين في قتال الصحراء ولسهولة الكر والفر.

الغلطة القاتلة
وعندما أصر أبو عبيد على رأيه بالعبور للفرس أمر أبو عبيد بعقد جسر يمر عليه المسلمون للطرف الشرقي من النهر، وكلف أبو عبيد بهذه المهمة رجلًا معاهدًا في ذمة المسلمين واسمه "ابن صولبا"، وبالفعل أقام "ابن صولبا" الجسر ولكن بصورة واهية يجعل من السهل قطعه على مجموعة صغيرة من الرجال، ولعله فعل ذلك عمدًا ليقع المسلمون في الكماشة القاتلة، وبدأ المسلمون في العبور إلى الطرف الآخر وتركهم الفرس حتى تكامل عبورهم، فوجد أبو عبيد جيشه محصورًا في مكان ضيق يكون فيه نهر الفرات وروافده تحيط بالمسلمين من الخلف واليمين واليسار، والفرس بجيشهم الجرار أمام المسلمين.

بدء معركة
وبمجرد أن تكامل المسلمون على الشاطئ الشرقي هجم الفرس بكل قواتهم خاصة سلاح الفيلة على المسلمين، ولم تكن خيل المسلمين قد رأت فيلة من قبل فنفرت منها بشدة وهربت في كل مكان، وبذلك تعطل أقوى أسلحة المسلمين وهو سلاح الفرسان. وقامت الفيلة بتمزيق صفوف المسلمين وأوقعت خسائر بالغة بهم، وعندها أمر القائد العام أبو عبيد بالتعامل مع الفيلة فنادى في أبطال المسلمين: "احتوشوا الفيلة"، أي أحيطوا بها واقطعوا أحزمة بطنها ليقع ما عليها من قادة، وكان أبو عبيد كما قلنا من أشجع الناس فكان هو أول من نفذ ما أمر به المسلمين، وبالفعل تم للمسلمين ما أرادوا وقطعوا أحزمة جميع الفيلة.

أبو عبيد شهيد المعركة
ثم حمل في بطولةٍ نادرةٍ على الفيل الأبيض الذي كان مدرَّبًا على فنون القتال، فاتَّقى ضربات سيف أبي عبيد، وألقاه على الأرض وداسه بأقدامه فاستُشهد القائد أبو عبيد وقاتل المسلمون على جثته حتى لا يأخذها الفرس، ثم تولَّى مكانه أخوه الحَكَم مكانه ولكنَّه سرعان ما استُشهد، ثم ولده، ثم الذي بعده حتى استشهد السبعة الذين عيَّنهم أبو عبيد، وتسلَّم الراية أسد العراق المثنى بن حارثة الذي حاول تصحيح الوضع حتى حدث ما لم يكن في الحسبان.

عمل متهور
وبعد أن كمل الانسحاب ولم يبقَ مسلمٌ في مكان المعركة كان آخر من انسحب الأسد الهصور المثنى بن حارثة فانسحب ووجهه نحو الفرس يقتلهم وظهره للمسلمين، وقد أُصيب إصابةً بالغةً أدَّت لوفاته بعد ذلك بشهرين رحمه الله.​